Ese mismo año de 1598 Velázquez está ya operando activamente en tareas de inteligencia. En noviembre, poco después de la muerte de Felipe II, Velázquez enviaba una reveladora carta desde Madrid encabezada por “lo que de nuevo de avisan los confidentes que tengo es lo siguiente”, prueba irrefutable de que hasta llegar a ese momento, una estructura de espionaje activa debía haberse consolidado tiempo atrás . En enero de 1599, el famoso memorial indica que todavía no ha sido expedida cédula de nombramiento, por lo que se entiende que desde finales de 1598 actúa como espía mayor de forma oficiosa. En este documento, tan esclarecedor para comprender cómo entiende su cargo, las posibles limitaciones que le obstaculicen en alcanzar los objetivos marcados y los recursos necesarios para ello, se advierte una voluntad firme de servicio basado en la coordinación, la discreción y la efectividad, elementos que conducen al primer gran intento de la Monarquía por dotar de carácter oficial al responsable de los espías al servicio del Estado. La creación ex novo de este cargo implicaba construir desde abajo todo el entramado de redes de inteligencia, algo que se había llevado a cabo de forma continua pero descordinada. No en vano, Velázquez acude a su única experiencia en la materia y en las redes que él había tejido durante su etapa en Fuenterrabía pues, suplica a Felipe III que “se acuerde de en el estado que se comienza esta obra que es tan poca luz ni aparejo para ella de espías porque si no son las pocas que yo tenía, no sé otras”.
Mientras tanto, siguen corriendo los meses de 1599 y con ellos poco a poco los avisos generados por sus espías van dando sus frutos. Las relaciones de avisos que va recibiendo y generando en el ejercicio de su competencia secreta son reveladoras de sus métodos de actuación. Éstos son similares a lo largo de toda su gestión, en el que la acción de los espías en la fase de obtención genera informaciones que, plasmadas en avisos, son remitidos puntualmente. A continuación, el propio Velázquez elabora un informe sintético que remite directamente, como figura en el sobreescrito, al rey. Para garantizar la eficacia de la información que maneja Velázquez alude con frecuencia a una de las máximas secularmente exigidas en el trabajo de inteligencia : contrastar la veracidad de la fuente por medio de otras vías complementarias. Sirva como ejemplo cómo las informaciones suministradas por sus espías de Inglaterra y Holanda fueron inmediatamente contrastadas y verificadas cuando el veedor Martín de Uzquiano y don Francisco Trujillo Ponce de León volvieron de Inglaterra y prestaron testimonio de lo visto y oído por ellos mismos .
La elección de los núcleos urbanos de mayor interés informativo dentro de la “geografía del conocimiento” formada por las capitales europeas era otra de las claves para el desarrollo del trabajo de los espías. La relevancia informativa de Roma, Londres, París, Amsterdam, Sevilla o Lisboa se complementaba con el despliegue de espías especializados en materias navales en puertos como La Rochelle, donde Velázquez tenía “un confidente de quien tengo satisfacción”. Verificar la entrada y salida de los navíos, identificar la calidad de los mismos, su armamento, la tripulación, etc., estaba entre sus habituales competencias informativas :
« Dize que llegaron dos pataches ingleses de a treynta toneladas que partieron de Inglaterra a 20 de hebrero del puerto de Plemua, cargados de manteca y salieron diciendo que yban a otro puerto del mismo Reyno. Y estos han confirmado házese muy grande armada y grande embarcación de gente y con muchas vituallas y que aunque la voz es para Irlanda, el disinio es para España . »
Para conseguir todo ello, Velázquez ha conseguido a finales del siglo XVI desde Madrid reunir una nómina de espías volantes desplegados por Inglaterra, Holanda y Francia preferentemente. Desde Lyon, Londres o Bruselas le van llegando avisos de sus “inteligentes”. Ello no obsta para que sea consciente de las limitaciones al manifestarle al rey que sin recursos, poco se puede alcanzar y que para conseguir los objetivos encomendados a su misión requiere aumentar la plantilla de espías y, sobre todo, librar con diligencia los gastos secretos que se vayan ocasionando en el transcurso de las operaciones . Entre esa nómina de informadores estables u ocasionales se vale con frecuencia de pilotos, marineros, militares, eclesiásticos y todos aquellos que de forma permanente o esporádica le proporcionen la información por ellos obtenida. Portugueses como el que salió de Holanda a principios de enero de 1598 informaba de las naves que se preparaban en Amsterdam y Rotterdam. Pero también figuran en su nómina un “obispo católico en Francia, un caballero francés, hombres de negocios y numerosos mercaderes . Sus espías no sólo son residentes que viven en las ciudades objeto de vigilancia y atención. Es también habitual fletar pequeñas embarcaciones (pataches frecuentemente) con espías y confidentes que llevan a cabo la misión encomendada y vuelven con la información obtenida.
Paralelamente, las relaciones de Juan Velázquez no descuidaban el aspecto ofensivo del espionaje extranjero pues, como reverso inevitable de las inteligencias secretas, no sólo era preciso adquirir información sino poner todos los medios para que el enemigo no la adquiriese en nuestro territorio y mucho menos penetrase en los designios de su Majestad. Por ello, la excesiva laxitud con la que se admitían extranjeros en el servicio doméstico de ministros muy principales o la situación existente en los puertos españoles donde apenas se vigilaba el tránsito y presencia de extranjeros, fueron debilidades que no pasaron desapercibidas a Velázquez. De hecho, advertía el 8 de marzo de 1599 en otra relación que “en esta corte deven de tener muchas espías con la poca quenta que se tiene de los estrangeros y en los puertos también tienen quién lo reconosca y vea qué navíos ay en ellos y en qué estado está ; y por momentos lo saven todo y aunque esto con la libertad del trato de los estrangeros y de otras naçiones no se puede tener la quenta que es razón y sepodría tener alguna, a lo menos aquí” :
« También avisan que ay un hombre que se llama Diego Portero, criado de otro que se llama Usleyo que con un barco suyo va y viene a Lisboa teniendo liçençia para yr allí y entiéndese que debaxo desta confiansa que en Lisboa se haze dél, el almirante de Inglaterra le emplea en inteligençias que tiene en España con otras espías. Combiene avisarlo a Lisboa al conde de Portalegre para que advierta a esto. »
En cualquier caso, sus relaciones no se limitan únicamente a suministrar la información secreta obtenida sino a ordenarla y, en numerosas ocasiones, ofrecer alternativas, advertencias y valoraciones que con toda humildad son transmitidos para complementar el proceso de toma de decisiones con los juicios experimentados del espía mayor. Lo que no implicaba que fuesen ni mucho menos vinculantes. Tras la deliberación y consulta pertinente al monarca, se formaba un cuadro de situación lo más aproximado a la realidad con todas las informaciones disponibles, no sólo las suministradas por Velázquez. A continuación se desgranaban las opciones a tener en cuenta. Sucedía por ejemplo el primero de julio de 1600 cuando los informes y avisos dados por Velázquez indicaban los movimientos de gente de guerra y las recomendaciones hechas a mercaderes de que cancelasen los negocios con España porque se avecinaba una nueva guerra, algo que se procuraba confirmar (como casi siempre) por otras vías y medios de información .
Por todo ello, la elección del nombre de Juan Velázquez de Velasco para inaugurar el Instituto de investigación en inteligencia para la seguridad y la defensa se basa no sólo en la carga histórica del personaje sino en su temprana concepción del trabajo de inteligencia al servicio del Estado. Constituye, por tanto una de las pruebas más tempranas acerca de la necesidad de coordinación y dirección en materia de inteligencia en la historia de España.